In Branchensoftwaresystemen ist es nicht möglich, die Buchhaltung durchzuführen, obwohl viele der in der Branchensoftware erfassten Daten dort ebenfalls relevant sind. Im Unterschied zur Kalkulation arbeitet die Buchhaltung allerdings vergangenheitsorientiert und betrachtet alle während einer Leistungsperiode entstandenen Aufwände und Erträge. Am Markt existieren zahlreiche auf die Buchhaltung spezialisierte Programme.
Um die Daten gegenseitig abgleichen zu können, müssen in der Branchensoftware geeignete Schnittstellen zu den Finanzbuchhaltungssystemen enthalten sein. Durch den gegenseitigen Abgleich kann z.B. erkannt werden, wenn sich ein Kunde im Mahnprozess befindet, weil er die letzten Rechnungen nicht beglichen hat. So wird das Erstellen von Angeboten bei zahlungsunwilligen oder nicht zahlungskräftigen Kunden vermieden.
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